Sejarah Klasis Pulau Ambon Utara tidak bisa dilepaskan dari Klasis Pulau Ambon. Klasis Pulau Ambon adalah Klasis tebesar dalam wilayah Gereja Protestan Maluku. Klasis Pulau Ambon berpusat di Kota Ambon dan secara administratif pemerintahanberada pada wilayah Kota Ambon yang menjangkau 5 Kecamatan, yakni KecamatanSirimau, Nusaniwe, Baguala, Teluk Ambon dan Leitimur Selatan serta KabupatenMaluku Tengah yang menjangkau Kecamatan Salahutu dan Leihitu Barat. Jumlahjemaat yang terdapat dalam Klasis Pulau Ambon pada waktu itu adalah 63 jemaat. Rentang kendali pelayanan yang sangat panjang ini tentu memengaruhi gerakpengorganisasian dan pendampingan jemaat-jemaat dalam lingkup Klasis Pulau Ambon. Fakta rentang kendali yang luas ini harus diresponi oleh gereja dengankebijakan pelayanan yang dapat diandalkan guna mengefektifikan ruang komunikasidan koordinasi pelayanan antarjemaat, jemaat dan klasis bahkan klasis dan sinode. upaya ke arah ini harus ditempuh melalui pemekaran klasis sebagai upaya gerejamemberikan dampak pelayanan yang efektif untuk umat.

Dalam sidang ke 35 Sinode GPM tahun 2005, isu pemekaran Klasis Pulau Ambon menjadi salah satu bahan percakapan yang turut mewarnai dinamika sidang dan menjadi salah satu ketetapan sidang ke 35 Sinode GPM yang dirumuskan dalambentuk rekomendasi. Langkah selanjutnya yang ditempuh adalah Badan Pekerja KlasisPulau Ambon menyusun proposal pemekaran dan menyampaikannya ke MPH Sinode. Waktu berlalu sampai pada tahun 2010, rencana pemekaran Klasis tersebut kembalidimatangkan pada sidang ke 41 Klasis Pulau Ambon di Jemaat Naku. Menindaklanjutihal dimaksud, Badan Pekerja Klasis Pulau Ambon membentuk panitia pemekaran yang diketuai oleh Bapak Dirk Soplanit, SE dan Sekretaris Pendeta E. T. Maspaitela, M.Si.Tim pemekaran bekerja untuk menyempurnakan proposal pemekaran dan melakukankajian pemekaran klasis secara komprehensif. Kemudian dalam sidang ke 36 SinodeGPM tahun 2010 dipertegas kembali dalam rekomendasi sidang untuk dilaksanakanoleh Majelis Pekerja Harian Sinode GPM.

Pemekaran itu akhirnya terwujud pada tanggal 2 April 2013 dalam sidang ke 44 KlasisPulau Ambon di Jemaat Rehoboth. Dua Klasis baru dimekarkan dari Klasis Induk, yakniKlasis Pulau Ambon Timur yang berpusat di Passo dengan jumlah jemaat 24, KlasisPulau Ambon Utara berpusat di Wayame dengan jumlah jemaat 17, sedangkan KlasisPulau Ambon tetap berpusat di Batu Gantung dengan jumlah jemaat 22. Pada waktuitu, Pendeta Ny. M. Watimuri/W dilantik selaku Ketua Klasis Pulau Ambon Timur dan Pendeta D. Wattimanela sebagai Sekretaris Pulau Ambon Timur. Selanjutnya PendetaP. Refialy dilantik sebagai Ketua Klasis Pulau Ambon Utara Pendeta Ny. G. D. Saimimasebagai Sekretaris Klasis Pulau Ambon Utara

Dari gedung gereja Rehoboth kirab pemekaran Klasis Pulau Ambon Timur menujuGedung Gereja Efrata Jemaat Pandang Kasturi yang merupakan gapura masuk KlasisPulau Ambon Timur dan menyatukan tekad dan semangat memuliakan Tuhan. Kemudian dilanjutkan ke gereja Nafiri Sion jemaat Passo untuk diaktakan pelembagaanKlasis Pulau Ambon Timur. Selain itu, kirab pemekaran Klasis Pulau Ambon Utara bergerak ke Jemaat GPM Negeri Lama sebagai pintu masuk Klasis Pulau Ambon Utara. Kemudian di lanjutkan ke Gedung Gereja Pniel Jemaat Wayame di mana berlangsungnya akta pelembagaan Klasis Pulau Ambon Utara.

Berikut ini diperlihatkan Nama-nama Ketua dan Sekretaris Klasis yang bertugas di Klasis Pulau Ambon Utara sejak dimekarkan sampai sekarang.